Hoe het begon
In een ver verleden telde Eemnes twee katholieke kerken omdat Eemnes uit twee afzonderlijke, beide met stadsrechten toegedeelde, delen bestond; Eemnes-Binnen en Eemnes-Buiten. In Eemnes-Buiten, het huidige dorpscentrum, staat de oudste kerk: de Nicolaaskerk. Dit is het kerkgebouw van de PKN-gemeente, waarvan de bouw rond 1380 gereedkwam. De heilige Nicolaas is de kerkpatroon; dit mede door het "Hollandse" karakter van de kerk. De toestemming voor de bouw werd namelijk in 1339 gekregen van de Graaf van Holland. Eemnes-Buiten behoorde toen enige tijd bij het Graafschap en heette: Oost Holland. Er werd een klein, houten kerkje gebouwd, dat echter tijdens de politieke verwikkelingen met de Utrechtse bisschop in zijn opdracht werd verwoest. In 1352 verleende Jan van Arkel, bisschop van Utrecht, stadsrechten en rechten om opnieuw een kerk te bouwen. Dit keer werd de kerk in steen gebouwd.
Sint Nicolaas werd in ons waterrijke land vereerd als beschermer tegen overstromingen. In het Utrechts-Hollands veengebied werd hij de patroonheilige van kerken in Vinkeveen, Nieuwveen, Jutphaas, IJsselstein en Benschop. En ook langs de voormalige Zuiderzee, in het gebied van de grote rivieren en in de vroegere Friese Middelzee draagt menig kerk zijn naam.
Toen in 1339 Eemnes-Binnen, dicht gelegen tegen Baarn, stadsrechten kreeg, werd ook Bisschoppelijke toestemming verleend om een kerk te bouwen. Deze kerk sloot aan bij de Eemlandse traditie, wat naamgeving betreft. In Baarn en Soest waren al Pauluskerken. De abt van de St. Paulusabdij in Utrecht had het benoemingsrecht van de pastoor! In Eemnes werd de nieuwe kerk genoemd naar St. Petrus: Pieterskerk.
De reformatie
De reformatie was de oorzaak van de overgang van beide kerkgebouwen naar de gereformeerden. De katholieken kerkten aanvankelijk in twee boerenschuren. Pastoors uit de omgeving waren hier werkzaam, waaronder de Blaricummer Thijmen de Saayer. Pas in 1675 kreeg Eemnes weer een eigen pastoor: Fulgentius Luytelaar. De katholieken van Eemnes-Binnen kerkten vanaf deze tijd in Eemnes-Buiten. Zij bleven echter hun eigen kerkbestuur en armbestuur houden, hopend op een eigen kerk in de toekomst. In 1744 werd er aan de voormalige pastorie, nu De Waker, een nieuwe kerk gebouwd. Maar vanwege de slechte bouwkundige staat van die kerk streefde men opnieuw naar nieuwbouw. Verschillende pogingen werden gedaan en in 1844 was het zover. Na overleg met de Commissaris van de Koningin werd gekozen voor de architect Nicolaas Kamperdijk. Deze had zojuist de protestantse kerk van Zeist gerealiseerd. Onder leiding van deze architect werd onze Waterstaatskerk gebouwd, zo genoemd omdat Waterstaat financiële steun gaf en het ontwerp en de bouw controleerde. De stijl is neoklassiek, soms ook wel Waterstaatsstijl genoemd vanwege de typische voorgevel. Architect Kamperdijk ontwierp overigens naast onder andere de "grote pastorie" van de Baarnse St.-Nicolaaskerk vele stations tussen Amersfoort en Zwolle, waaronder ook dat van Soestduinen. In 1845 kwam de kerk gereed. Pas negen jaar later, in 1854, werden de twee staties van de Heilige Petrus en van de Heilige Nicolaas officieel samengevoegd tot de Parochie van de Heilige Nicolaas.
Van pastoor naar pastoraal team
De "bouwpastoor" van deze kerk was de in Soest geboren Wilhelmus de Beer. Hij werd in 1853 naast pastoor van Eemnes ook deken van Amersfoort tot zijn overlijden in 1877. Ook zijn opvolger, M.A. van Crimpen, was van 1892 tot 1912 met dit ambt bekleed. Grote verdiensten van pastoor De Beer waren vooral zijn initiatief voor het katholiek onderwijs en het hier doen vestigen van de zusters Franciscanessen van Heythuysen. Deze zusters verrichtten hun werk in onderwijs en gezondheidszorg.
Na een kleine uitbreiding van de kerk in 1927 veranderde er aan het kerkgebouw uitwendig nog weinig. Het interieur werd wel aan de eisen van vernieuwingen binnen de liturgische vieringen aangepast. Communiebanken verdwenen, een nieuw altaar werd voor op het priesterkoor geplaatst, dat recent behoorlijk werd vergroot.
Sinds 1967 staat de kerk en de pastorie op de lijst van Beschermde Monumenten.
Binnen de parochie werd de rol van de parochianen steeds groter. Veel werkgroepen verrichten op allerlei gebied hun taak. Door gebrek aan priesters waren hier twee perioden alleen diakens werkzaam, waarvan Jan Bouman het langst (1988-1990). De laatste "eigen" pastoor was Cees Jongeneelen, die zijn werk combineerde met zijn werk voor de Oblaten van Franciscus van Sales, waarvan hij Provinciaal Overste was. Al voor en tijdens zijn pastoraat werd begonnen met het voorgaan van leken tijdens de diensten, onder andere in Woord- en Communiediensten en in Avondwaken.
Per 1 januari 2006 sloot de parochie zich aan bij het Parochieverband Eemland met de parochies van Soest, Soesterberg en Baarn. In 2011 ging dit op in de H H Martha en Mariaparochie waartoe ook de kerkgemeenschappen in De Bilt, Bilthoven en Maartensdijk behoren. Dit samenwerkingsverband deelt één pastoraal team met priesters en pastoraal werkers.